邓明华

教授、博士生导师
dengmh@math.pku.edu.cn
北京市海淀区颐和园路5号
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个人简介

邓明华，现任全球信誉最好的网赌软件数学科学学院教授及概率统计系副系主任，全球信誉最好的网赌软件定量生物学中心教授，曾任美国耶鲁大学医学院流行病与公共卫生系访问副教授。已发表70多篇SCI论文。先后主持国家自然科学基金面上项目5项，主持科技部863项目1项，参加科技部973项目3项，参加国家自然科学基金创新团队2项，合作主持国家自然科学基金海外及港澳学者合作研究项目1项，参加科技部重点研发项目1项。

主要研究方向

生物信息学

代表性科研项目

1. 2019.1-2022.12 成分数据分析方法及其在宏基因组数据中的应用，基金委面上（主持人）

2. 2016.7-2021.6蛋白质机器三维结构导向的新型药物研发关键技术研究，科技部重点研发计划，（学术骨干）

3. 2015.1-2019.12课题3：疾病相关生物分子网络的构建、动态演化及调控规律，科技部重大研究计划（主持人：课题组长）

4. 2015.1-2018.12 基于网络的全基因组关联分析方法，基金委面上（主持人）

5. 2012.1-2015.12 遗传相互作用网络的构建和分析，基金委面上（主持人）

6. 2009.1-2011.12 基于探针杂交机制的生物芯片数据预处理统计方法研究, 基金委面上（主持人）

7. 2008.1-2010.12 蛋白质复杂网络构建与分析及其在肝癌疾病中的应用, 863项目（主持人）

8. 2006.1-2008.12 转录因子结合位点(TSBS)研究，基金委面上（主持人）

10篇代表性论文

1.Huili Yuan, Shun He , Minghua Deng*. Compositional data network analysis via lasso penalized D-trace loss. Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz098, Published: 14 February 2019

2.Yujuan Gao, Sheng Wang, Minghua Deng* and Jinbo Xu*. RaptorX-Angle: real-value prediction of protein backbone dihedral angles through a hybrid method of clustering and deep learning. BMC Bioinformatics 2018, 19 (Suppl 4) :100. https://doi.org/10.1186 /s12859-018-2065-x. APBC 2018 Best Paper Award.

3.Huili Yuan; Ruibin Xi; Chong Chen; Minghua Deng*. Differential network analysis using a D-trace loss. Biometrika 2017, 4: 755–770.

4.Changjing Wu, Hongyu Zhao, Huaying Fang and Minghua Deng*. Graphical model selection with latent variables.Electronic Journal of Statistics 2017, 11, 3485–3521.

5.Zengmiao Wang, Huaying Fang, Nelson Leung-Sang Tang and Minghua Deng. VCNet: vector-based gene co-expression network construction and its application to RNA-seq data. Bioinformatics 33(14):2173–2181, 2017.

6.Huaying Fang, Chengcheng Huang, Hongyu Zhao and Minghua Deng. CCLasso: Correlation Inference for Compositional Data through Lasso. Bioinformatics. 2015 Oct 1;31(19):3172-80. doi: 10.1093/bioinformatics/btv349..

7.Lin Wang, Wei Zheng, Hongyu Zhao, Minghua Deng. Statistical Analysis Reveals Co-Expression Patterns of Many Pairs of Genes in Yeast Are Jointly Regulated by Interacting Loci. PLoS Genetics 9(3): e1003414,2013.

8.Lin Hou, Lin Wang, Minping Qian, Dong Li, Chao Tang, Yunping Zhu, Minghua Deng, Fangting Li. Modular analysis of the probabilistic genetic interaction network. Bioinformatics 27(6):853-859,2011.

9.Hao Zheng, Xingyi Hang, Ji Zhu, Minping Qian, Wubin Qu, Chenggang Zhang, Minghua Deng. REMAS: a new regression model to identify alternative splicing events from exon array data. BMC Bioinformatics 10 (Suppl 1):S18, 2009. APBC2009 Best Paper Award.

10.Minghua Deng, Shepra Mehta, Fengzhu Sun, Ting Chen. Inferring domain-domain interactions from protein-protein interactions. Genome Research 12(10):1540-1548,2002. See also The ACM-SIGACT 6th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB02), 95-103, April, 2002.